Dereköy'ün eski adı Şinudi. Köyün geçmişi Osmanlı öncesine uzanır; 16. yüzyılda adayı anlatan Piri Reis'in kayıtlarında da adı geçer. Adanın diğer Rum köylerinden farklı olarak Dereköy yamaca değil, iki tepe arasındaki vadiye kurulmuş. İki katlı taş evlerin alt katı ahır ve kiler, üst katı yaşam alanıdır; dar sokaklar, suyu hâlâ akan tarihi çamaşırhane, 1800'lü yıllarda inşa edilen Aya Marina Kilisesi ve asırlık çınarların gölgelediği meydan köyün kalbini oluşturur. 1960'lardan sonraki göçlerle köy sessizleşti; bugün Rum ve Türk aileler bir arada yaşıyor ve köyün tamamı kentsel sit alanı olarak korunuyor. Her yıl Ağustos ortasında, Meryem Ana Panayırı için Yunanistan'a göçmüş eski köylüler geri döner; köy birkaç haftalığına yeniden canlanır.